L’histoire de l’Ecole de Maistrance est liée d’assez près à celle de l’Ecole des mousses.
En 1913 est créée une Ecole des apprentis-marins qui a pour objectif une partie de la formation du personnel non officier de la Marine.
C’est en 1923 qu’est créée, sous cette appellation, l’Ecole de maistrance dont l’organisation évoluera jusqu’en 1939. Après des errances diverses, l’Ecole de maistrance est dissoute en 1942. Une annexe des écoles s’installe à Cahors en 1943, pour une année. A la fin de la seconde guerre mondiale, les écoles sont à nouveau ouvertes au Dourdy-en-Loctudy.
Il faut attendre 1960 pour voir le retour de l’Ecole de maistrance à Brest au sein du « Groupe Armorique » qui comprend aussi l’Ecole des mousses. Le Groupe devient le Centre d’Instruction Naval de Brest en 1966.
L’Ecole des mousses étant fermée en 1988, l’Ecole de maistrance a une existence propre et assure la garde du drapeau.
Actuellement, l’Ecole forme deux promotions par an, chacune pouvant accueillir 400 élèves pendant 18 semaines. Les élèves signent un engagement de dix ans.
Le 10 octobre 2009 une nouvelle Ecole des mousses est créée à Brest et reprend la garde du drapeau de tradition. Ce même jour le ministre de la Défense remet à l’Ecole de maistrance un drapeau spécifique.